制藥業產生三種類型的污水：

　　（1）生活進行污水主要包括中國衛生潔具、洗手設備設施、淋浴設施等排出的污水；

　　（二）生產廢水是指生產過程中產生的污水和廢水，包括設備和容器的洗滌水、冷卻水等。

　　（3） 雨水包括屋頂上的雨水和融化的雪水。

　　室內排水系統一般采用分體系統。除《生活污水及排水設計規范》（tj13-74）外，還必須符合GMP的有關規定。主要措施如下：

　　（1）不應在100級潔凈室安裝水桶及地臺排水渠。10000級潔凈室應避免安裝水桶及地漏。在其他類別的潔凈室，應盡量減少水桶及地面排水渠的數目；

　　（2）在潔凈室與下水管連接的設備、清潔用具和排水設備的出口下方，必須設置存水彎或水封；

　　（3）設在潔凈室的地漏，要求不同材質不易腐蝕（內表面光潔，例如不銹鋼材料），不易結垢，有密封蓋，開啟一個方便，能防止企業廢水處理廢氣倒灌，允許沖洗地面時臨時開蓋，不用時則將蓋蓋死，必要時還應能夠根據自己產品生產工藝設計要求，灌以消毒劑消毒滅菌，從而影響可以得到較好地防止環境污染（現在我國國內已開發了學生這種傳統醫藥發展工業的新型專用潔凈地漏）；

　　（4） 質監部門和生產部門產生的酸堿廢水也應設置專用管道，采用PVC（塑料管或ABS工程塑料管）引至酸堿處理裝置；

　　總之，在潔凈區盡量避免安裝水桶和下水道，無菌作業區絕對避免。如果需要安裝，設計中應考慮其位置，以便于維護和清潔，從而最大限度地減少微生物污染。